Преимущество прямого метода

Главное преимущество прямого метода - это высокая, доходящая до 100%, точность диагностики и отсутствие необходимости анализа всей семьи на предмет ее информативности (см. ниже). Последнее обстоя­тельство особенно важно для проведения пренатальной диагностики тяжелых, зачастую летальных наследственных болезней (муковисци-доза, миодистрофии Дюшенна, гемофилии А и др.). Такие семьи нередко обращаются за медико-генетической помощью уже после того, как больной ребенок умер. Так, по нашим наблюдениям, до 80% семей с высоким риском муковисцидоза обращаются по поводу необходимости дородовой диагностики уже после смерти больного ребенка [Baranov V.S. et al., 1992].
Однако существует огромное количество наследственных болезней, для которых мутации не описаны либо не найдено мажорных мутаций в исследуемых популяциях. Даже во всех тех случаях, когда имеются ма­жорные мутации, наряду с ними описаны многочисленные редко встре­чающиеся (вплоть до единичных случаев) так называемые минорные мутации. Кроме того, всегда сохраняется возможность присутствия у пробанда неизвестных мутаций, а клонирование гена больного человека для целей прямого секвенирования, даже ограниченного только смысло­вой его частью - кДНК, далеко не всегда возможно в силу очевидных финансовых и временных ограничений такого подхода. Эти трудности успешно преодолеваются благодаря наличию непрямых (косвенных) методов молекулярной диагностики.
Этот исторически более ранний подход основан на использовании сцепленных с геном полиморфных маркеров, с помощью которых про­водится идентификация мутантных хромосом (точнее хромосом, несущих мутантный ген) в семьях высокого риска, т. е. у родителей больного и его ближайших родственников. В настоящее время косвенные методы  молекулярной диагностики принципиально возможны практически для всех моногенных заболеваний с известной локализацией контролирую­щего гена, для каждого из которых уже разработана удобная система вне- и внутригенных полиморфных индексных маркеров.