Для правильного начала синтеза РНК необходимо точное взаимодействие РНК-полимеразы с молекулой ДНК. Этот процесс контролируется промотором - специальной регуляторной последовательностью ДНК размерами около 75 п.о., локализованной, как правило, в 5'-фланкирующей области гена. Иногда под контролем одного промотора считывается несколько генов с образованием единого первичного РНК-транскрипта. Промоторные области различных генов довольно разнообразны по своему нуклеотидному составу. Однако почти для всех промоторов характерно наличие консервативной последовательности из 7 оснований на расстоянии 19-27 нуклеотидов слева от сайта инициации транскрипции. Это так называемый ТАТА-бокс (блок Хогнесса), обеспечивающий корректное расположение РНК-полимеразы по отношению к стартовому сайту. На расстоянии 70-80 п.о. в направлении 5'-конца от начала транскрипции часто расположена другая консервативная последовательность из 9 п.о. - СААТ -бокс, контролирующий начальное связывание РНК-полимеразы. Мутации в TATA- или в СААТ-боксах могут существенно влиять на скорость синтеза РНК. В 5'-фланкирующей области гена на расстоянии до тысячи пар оснований от начала его кодирующей части располагаются другие регуляторные последовательности, так называемые энхансеры (усилители), способные резко увеличивать продукцию гена за счет ускорения транскрипции. Эти контролирующие элементы могут работать независимо от их ориентации по отношению к сайту инициации. Для некоторых генов найдены участки ДНК, подавляющие транскрипцию, а также так называемые аттенюаторы (ослабители) -последовательности, лежащие между сайтом инициации транскрипции и собственно геном. Они могут блокировать продвижение РНК-полимеразы. Благодаря такому сложному механизму контроля достигается очень тонкая и эффективная регуляция экспрессии генов практически на всех этапах транскрипции, трансляции и образования функционально зрелого белка. Эти механизмы более детально рассмотрены в других разделах.
