Замены или утраты отдельных оснований в геномной ДНК могут возникать в результате нарушения процессов репликации и репарации. Ошибки в ДНК-матрице, вызванные действием повреждающих внешних агентов либо спонтанной деградацией оснований, закрепляются в последующих циклах репликации. Основные типы спонтанной деградации включают потерю оснований и процесс дезаминирования. Особенно чувствительны к дезаминированию цитозиновые остатки. Установлено, что у позвоночных почти половина всех цитозиновых остатков в ДНК метилирована в 5-м положении. Процесс метилирования особенно часто захватывает области повторов 5'-CpG-3', расположенные как внутри генов, так и в их промоторных частях. При дезаминировании 5-метил-цитозин превращается в тимин. В цикле последующей репликации возникший в результате дезаминирования ошибочный вариант (T-G) может либо корригироваться в нормальный вариант (C-G), либо приводить к мутациям типа трансцизий: (T-G) или (С-А). Естественно, что гены, имеющие в своей структуре большой процент CpG-оснований, особенно часто подвергаются спонтанному мутированию типа трансцизий. В частности, преобладание подобных точечных мутаций известно для генов факторов IX и VIII свертывания крови, для гена фенилкетонурии и других. Так, из 76 мутаций гена фактора IX в 21 случае найдены трансцизий CpG - TpG или СрА [Green P.M. et al., 1990]. Преобладание таких мутаций отмечено и в 22 CpG-дуплетах гена фенилаланингидроксилазы у больных фенилкетонурией [Abadie V. et al., 1989].
