Тандемные повторы - STR

Одним из вариантов минисателлитных последовательностей являются тримерные и тетрамерные короткие тандемные повторы - STR (short tandem repeats), которые стабильно наследуются и также обладают вы­соким уровнем полиморфизма по числу «коровых» единиц [Edwards A. et al., 1991]. В Х-хромосоме такие повторы обнаружены через каждые 300-500 тыс. п.о., тогда как в других частях генома они встречаются на расстоянии 10 тыс. п.о. друг от друга. По некоторым оценкам, их частота может достигать '/2о тыс. п.о. [Charlesworth В. et al., 1994]. Возможно, истинное число три-, и тетрамерных повторов в геноме человека еще больше, так как они обнаружены во многих генах. Подобно другим по­вторам, STR обычно встречаются в некодирующих частях генов. В по­следнее время, однако, обнаружена группа структурных генов, несущих тримерные повторы в регуляторных и даже в транслируемых частях генов. Изменение числа этих внутригенных повторов в сторону их увеличения может приводить к нарушению функции этих генов вплоть до полного блока экспрессии и быть причиной ряда тяжелых наследственных заболеваний - болезней экспансии (см. главу 10). В качестве зондов для выявления коротких тандемных повторов используют синтетические олигонуклеотиды, построенные из простых повторов трех или четырех нуклеотидов.
В последнее время для обнаружения различных классов микросател-литных последовательностей и STR-повторов применяют эффективные методы, основанные на использовании ПЦР [Edwards A. et al., 1991]. Для этих локусов характерно большое число аллелей, которые различаются по числу «коровых» единиц. Продукты амплификации этих локу    сов могут отличаться друг от друга числом ди-, три- или тетрануклео-тидных повторов. Для удобства идентификации различных аллелей ПЦР проводят в присутствии меченых нуклеотидов, а для электрофоретиче-ского разделения продуктов амплификации используют специальные секвенирующие гели. Многие STR-локусы настолько полиморфны, что нашли применение в судебной медицине для идентификации личности. Для повышения достоверности результатов с этой целью используют мультиплексные варианты ПЦР, позволяющие устанавливать генотип индивидуума одновременно по нескольким STR-сайтам [Асеев М.В. и др., 1995; Weber J.L., May P.E., 1989]. Возможность точного генотипи-рования личности с использованием ПЦР, то есть на минимальном количестве ДНК, является важным методическим преимуществом STR перед ранее рассмотренными VNTR, для анализа которых чаще используют блот-гибридизацию по Саузерну.