Оценку сцепления между генами проводят на основании статистического анализа сегрегации признаков в семьях с разветвленными родословными. Чаще всего при этом используют метод максимального правдоподобия [Као F.-T., 1983], т. е. подсчитывают десятичный, логарифм шансов - lod (log of the odds), где шансы (odds) выражаются как отношение вероятности наблюдаемой родословной при условии, что два гена сцеплены (0 < Q < 0,5), к той же вероятности при отсутствии сцепления (Q = 0,5). Если значение lod > +3, гены локализованы в одной хромосоме, причем максимально правдоподобная оценка соответствует максимальному значению lod. При значениях lod < -2 гены не сцеплены, т. е. локализованы в разных хромосомах или на разных концах одной хромосомы. Статистическую обработку родословных обычно проводят с помощью компьютерных программ, наиболее известные из которых программы LIPED, CRIMAP и LINKAGE [Ott J., 1985; Ott J., 1991; Terwilliger J.D., Ott J., 1994]. На генетических картах сцепления расстояние между генами определяется в сантиморганах (сМ). 1 сМ соответствует 1% рекомбинации. Общая длина генома человека в этих единицах составляет около 3300 сМ. Сопоставляя эту величину с размером гаплоидного набора молекул ДНК, можно заключить, что 1 сМ приблизительно эквивалентен 1 млн пар нуклеотидов. Такие расчеты, однако, весьма приблизительны, так как частоты рекомбинации, а значит, и реальная длина 1 сМ могут сильно варьировать в различных частях генома. Существуют так называемые «горячие» точки рекомбинации, так же как и районы генома, где рекомбинация подавлена (центромерные и теломерные участки хромосом, блоки конститутивного гетерохроматина и др.). Известно также, что частота рекомбинации у мужчин меньше, чем у женщин, так что общая длина мужского генома, измеренная в единицах рекомбинации, составляет лишь 3000 сМ. Таким образом, генетическое расстояние может дать лишь весьма ориентировочную информацию о физическом (реальном) расстоянии, выражаемом в парах нуклеотидов.
