Амплификация рефрактерной мутационной системы

Концептуально близким к этому варианту является метод, получивший название «амплификация рефрактерной мутационной системы» - amplification refractory mutation system - ARMS. В основе метода лежит неспособность Taql термофильной полнмеразы к амплификации фрагмента при наличии несоответствия (mismatch) между матричной ДНК и З'-концом одного из олигопраймеров [Newton C.R. et al., 1989; Bottema C.D.K. et al., 1990].   
Стрелкой показаны неспаренные нуклеотиды, а звездочки обозначают место мутации, подчеркнут сейт реструкции Mspl.
Суть метода заключается в одновременном проведении двух ПЦР, для каждой из которых одним из праймеров служит аллель-специфическая мутантная или нормальная олигонуклеотидная последовательность соответственно. При этом в качестве второго праймера для проведения двух реакций выбирают одну и ту же олигонуклеотидную после­довательность, так что в обоих случаях могут амплифицироваться участки ДНК одинаковой протяженности. Мутантный сайт в аллель-специфических праймерах расположен не в центре, а ближе к З'-концу, и чаще всего занимает предпоследнюю позицию. При определенных усло­виях, важнейшим из которых является концентрация ионов магния в растворе, наличие сайта негомологичного спаривания в З'-области праймера препятствует началу синтеза ДНК. Таким образом, при нали­чии мутации в исследуемой матричной ДНК амплифицированные фраг­менты образуются только в том случае, если в качестве аллель-специфического праймера выбирается мутантная последовательность, тогда как при использовании нормального олигонуклеотидного праймера ПЦР блокируется. Метод нашел широкое применение для детекции мутаций при фе-нилкетонурии, бета-талассемии, муковисцидозе, при типировании генов HLA-системы. Однако сложности в подборе праймеров и в выборе оп­тимального режима ПЦР ограничивают широкое применение этого ме­тода. Вместе с тем его несомненным преимуществом является возмож­ность применения полностью автоматического сканирования.