Разделение фрагментов ДНК

В результате происходит разделение фрагментов ДНК, различающихся по нуклеотидному составу. Таким способом удается идентифицировать лишь около 50% однонуклеотидных замен в фрагментах ДНК длиной от 50 до нескольких сотен нуклеотидов. Связано это с тем, что при прохождении ДНК через гель может начаться частичная денатурация концов молекул еще до достижения оптимальной области плавления. Поэтому мутации, локализованные вблизи концов амплифициро-ванных участков ДНК, оказывают меньшее влияние На процесс плавления и могут не выявляться. Эффективность обнаружешия мутаций с помощью фадиентного денатурирующего электрофореза может быть существенно повышена за счет присоединения к концам амплифициро-ванной геномной ДНК синтетических фрагментов GC-нуклеотидов длиной в несколько десятков пар оснований. Такие монотонные тугоплавкие концы выполняют роль своеобразных зажимов и резко увеличивают шансы обнаружения всех точечных мутаций, независимо от их локали­зации внутри исследуемого фрагмента ДНК. Эта модификация делает метод очень чувствительным. В отличие от SSCP, он при­годен для более крупных амплифицированных фрагментов ДНК. При исследовании фрагментов до 600 п.о. эффективность выявления мутаций этим методом достигает 95%. Чаще всего DGGE-метод применяется для скрининга мутаций в амплифицированных экзонах, при этом в качестве матрицы используют геномную ДНК.
Этот метод может быть с успехом применен также для анализа инду­цированных мутаций, так как позволяет улавливать точечные мутации, возникшие даже в одной из 100 обработанных мутагеном клеток. К не­достаткам метода следует отнести техническую сложность получения равномерного градиента денатурирующего агента в полиакриламид-ном геле, а также высокую стоимость искусственно синтезированных GC-концов.