«Прогулка» по хромосоме

«Прогулка» по хромосоме, или скользящее зондирование, заключается в последовательном отборе клонов, содержащих частично перекрывающиеся фрагменты ДНК из определенного района генома [Rommens J.M. et al., 1989]. На первом этапе проводят скрининг библиотеки с помощью маркерной ДНК, сцепленной с геном.
После нахождения положительных клонов последние сами служат зондами для изоляции других клонов, содержащих перекрывающиеся последовательности ДНК. Таким образом, каждый раз отобранный фрагмент используется в качестве скринирующего ДНК-зонда для по­следующего поиска. В результате получают набор клонированных фрагментов ДНК, полностью перекрывающих область поиска гена. Группа подобных клонов носит название «контигов». С помощью физического картирования инсертированной ДНК в разных клонах удается точно установить степень перекрывания между соседними фрагментами и соответственно упорядочить положение клонов в «контигах». При скринировании космидных библиотек с выявлением каждого нового клона к участку ДНК, полностью перекрытому отобранными зондами, в среднем добавляется около 20 тыс. п.о. Таким способом, однако, редко удается пройти более 200 - 300 тыс. п.о. в одном направлении из-за наличия в геноме повторяющихся и трудно клонируемых последовательностей ДНК.
Для преодоления этих ограничений и ускорения процесса поиска генных последовательностей американским исследователем Фрэнком Коллинзом, ныне президентом программы «Геном человека», был разработан метод «прыжков» по хромосоме. Этот метод позволяет изолировать фрагменты ДНК, отстоящие в геноме друг от друга на сотни тысяч нуклеотидов (длина прыжка), не изолируя при этом все промежуточные последовательности ДНК [Collins F.S., Weissman S.M., 1984]. Как видно на представленной схеме , прыжки начинаются со стартового зонда, т. е. с последовательности, гибридизующейся со сцепленным с геном ДНК-маркером.