Более того, косвенные методы молекулярной диагностики пригодны даже для тех болезней, гены которых еще не идентифицированы и мутации неизвестны. Единственным и непременным условием этого является наличие полиморфных сайтов рестрикции либо коротких тандемных повторов, типа STR, находящихся в непосредственной близости от му-тантного гена или, что еще лучше, внутри него (чаще всего в интронах). При помощи этих полиморфных сайтов удается маркировать мутантные аллели гена и проследить их передачу потомству (см. главу 3). Ранние иследования непрямым методом проводились почти исключительно с использованием полиморфных сайтов рестрикции - двухаллельной системы, информативная емкость которой не превышает 50%, а реальная частота гетерозигот по данному признаку в популяции оказывается существенно ниже 0,5. Следовательно, в лучшем случае только половина гетерозиготных носителей наследственного заболевания, вызванного рецессивной мутацией какого-нибудь гена, могла быть доступна непрямой молекулярной диагностике с использованием одного полиморфного сайта рестрикции. Повышение информативности в случае ПДРФ-анализа могло быть достигнуто только путем увеличения числа полиморфных сайтов. Как правило, для диагностики необходим не один, а 3 -4 полиморфных сайта, что далеко не во всех случаях возможно. Многие из полиморфных сайтов локализованы вне генов на расстояниях, при которых кроссинговер может в заметном проценте случаев исказить результаты диагностики. Кроме того, практическое использование рест-рикционных сайтов зачастую затруднено из-за отсутствия или большой стоимости соответствующих эндонуклеазных рестриктаз.
