Получение геномной мутантной ДНК обычно не представляет сложностей, так как она может быть изолирована из любых клеток или тканей больного независимо от характера экспрессии исследуемого гена. Однако амплификация целых экзонов возможна только при знании нуклеотидных последовательностей фланкирующих интронных областей, из которых и производят подбор специфических олигопрай-меров. Секвенирование интронов представляет собой достаточно трудоемкую задачу, решенную далеко не для всех клонированных генов. Таким образом, к ограничениям этого подхода'следует отнести необходимость достаточно полной информации о структуре гена и о его первичной нуклеотидной последовательности. Кроме того, объектом тестирования могут быть лишь сравнительно небольшие области гена, отсюда для получения более полной информации необходима амплификация многих экзонов. Стратегия идентификации мутаций может быть различной и, в конечном счете, определяется тем, имеем ли мы дело с ранее неизвестными мутациями, либо целью анализа является скринирование уже известных мутаций. В первом случае объектом исследования чаще всего служат клонированные или амплифицированные последовательности кДНК, тогда как при молекулярной диагностике известных мутаций, как правило, анализируют амплифицированные фрагменты геномной ДНК.
