Однако специфические мутации могут получить значительно более широкое распространение в тех случаях, когда гетерозиготные особи имеют какие-либо селективные преимущества. Таким эффектом может обладать сама мутация, но более вероятна возможность неравновесности по сцеплению между этой мутацией и селективными аллелями другого локуса. Гетерозиготы могут получить преимущество при изменении условий окружающей среды, в каких-то экстремальных ситуациях или среди определенных групп населения. Так, например, мутации, повышающие устойчивость организма к действию инфекционных агентов, могут получить широкое распространение в период массовых эпидемий. Одновременно повысится частота всех аллелей других локусов, находящихся в неравновесности по сцеплению с данной мутацией. Мутантные аллели, обеспечивающие селективное преимущество гетерозигот, становятся преобладающими во многих популяциях, не полностью изолированных друг от друга. При этом наибольшая частота таких аллелей будет наблюдаться в районах, где влияние поддерживающего отбора было максимальным (например, в эпицентре эпидемии). По мере удаления от этого района концентрация таких мутантных аллелей будет уменьшаться, причем их распределение в разных популяциях будет коррелировать с характером миграции населения. Подобный характер распределения определенного мутантного аллеля в частично изолированных популяциях принято связывать с так называемым эффектом основателя или родоначальника.
