Определение размера молекул мРНК, гибридизующихся с геномными клонами, дает оценку суммарной величины геиа. Эта оценка имеет важное значение для реконструирования полноразмерной кДНК. Ее клонирование, по сути, означает идентификацию гена, так как позволяет определить его границы в геномной ДНК, охарактеризовать его экзон-но-интронную структуру и регуляторные элементы. Зная первичную нуклеотидную последовательность кДНК, можно с уверенностью прогнозировать аминокислотную последовательность соответствующего белка и таким образом определить первичное биохимическое звено в патогенезе соответствующего наследственного заболевания.
Описанный способ изучения молекулярных и биохимических основ наследственных заболеваний получил название обратной генетики, а сам процесс, в отличие от традиционного пути от белка к гену, так называемого функционального клонирования, был назван позиционным клонированием, тем более, что термин обратной генетики уже использовался ранее для обозначения метода анализа функции гена путем направленного введения в него мутаций [Collins F.S., 1992].
Возможность использования функционального клонирования зависит от доступности информации о белковом продукте и/или о функции соответствующего гена. Для подавляющего большинства моногенных болезней определение первичного биохимического дефекта представляет собой очень трудную задачу из-за недостаточного понимания функционирования огромного числа клеточных ферментов, сложностей их взаимодействия, низких концентраций, отсутствия эффективных методов выделения и очистки, а зачастую - даже из-за отсутствия сведений о клетках-мишенях, в которых следует искать первичный биохимический дефект. Поэтому на фоне стремительного роста данных о структуре генома человека и прежде всего о насыщенности генами и анонимными ДНК-маркерами отдельных хромосом и их сегментов реальные соотношения функционального и позиционного клонирования в идентификации генов, ответственных за наследственные заболевания, быстро меняются в сторону безусловного доминирования последнего.