Отсчет нуклеотидов в молекуле ДНК начинается с первого смыслового кодона, так что нуклеотид под номером +1 соответствует первому нуклеотиду в молекуле кДНК. Вверх по течению (или справа налево от 3' к 5'-концу) от первого кодона нуклеотиды записывают со знаком «-», вниз по течению (от 5' - к 3') - со знаком «+». Для многих генов отсутствие точных данных о положении инициирующего сайта и наличие нескольких мест инициации транскрипции существенно затрудняют нумерацию нуклеотидов. Нуклеотиды экзонов обозначают заглавными буквами, нитронов - прописными. В табл. 4.2. даны примеры обозначения различных мутаций с использованием как аминокислотной, так и нуклеотидной нумерации. Нуклеотидная система записи особенно важна для обозначения делеций, инсерции, сплайсинговых мутаций и полиморфизмов, не связанных с заменами аминокислот или происходящих в нетранслируемых частях гена. В случае делеции или инсерции одного или двух нуклеотидов приводится их буквенное обозначение. Например, 441delA, 485insTA. При делеции или инсерции трех и более нуклеотидов указывается только их число. Так, 852del22 означает делецию 22 нуклеотидов, начиная с 852-го нуклеотида, a 3320ins7 обозначает вставку 7 пар оснований после нуклео-тида 3320. В случае больших вставок или делеций их размеры указываются в килобазах, например 2115insl3kb, или обозначаются соответствующие инсертированные/делетированные структурные элементы генома. Так, 2115insAlu означает инсерцию Alu-повтора после нуклеотида 2115.
Примеры обозначения мутации в гене муковисцидоза
Название Изменения в нуклеотидах Позиция Изменения в аминокислотах Позиция Экзон
Миссенс
D44G A-G 263 Asp-Gly 44 2
А455Е С-А 1496 Ala-Glu 455 9
S549R(A-C) А-С 1777 Ser - Arg 549 11
S549R(T-G) T-G 1779 Ser - Arg 549 11
Нонсенс
Q39X С-Т 247 Gin - Stop 39 2
W1282X G-A 3978 Trp - Stop 1282 20
Вставка, деле-
ния, сдвиг рам-
ки считывания
del F508 Делеция 3 п.о. 1652-1655 Делеция F 508 10
241delAT Делеция AT 241 Сдвиг рамки 2
852del22 Делеция 22 п.о. 852 Сдвиг рамки 6а
1154insTC Вставка ТС 1154 Сдвиг рамки 7
Сплайсинг
621+1G-T G-T 621+1 5'-сигнал Интрон4
622-2A-C А-С 622-2 3'-сигнал Интрон 4
3849+10kbC-T С-Т 10 kb экзон 19 Ошибочный сплайсинг Интрои 19
Полиморфизмы
M/V470 А нлиО 1540 М wmG 470 10
1716G/A G или А 1716 Без изменений 528 10
I25G/C ОилиС 125 5'-нетранслируе-мая область — —
При обозначении сплайсинговых мутаций записывают номер крайнего нуклеотида в ближайшем к мутации экзоне, число нуклеотидов (со знаком «+» в случае З'-конца экзона и со знаком «-» в случае 5'-конца) и характер нуклеотидной замены. Например, запись 711+5G-T обозначает замену G на Т в 5-м основании нитрона, следующего за экзоном, заканчивающимся 711-м нуклеотидом.
