Сайты рестрикции могут быть использованы в качестве генетических маркеров ДНК. Действительно, образующиеся в результате рестрикции фрагменты ДНК могут быть упорядочены по длине путем электрофореза в агарозном или полиакриламидном геле, и тем самым может быть определена их молекулярная масса, а значит, и физическое расстояние между сайтами. Напомним, что обычным методом выявления ДНК в геле, так же как и РНК, является ее специфическое окрашивание, чаще всего бромидом этидия, и просмотр геля в проходящем свете ультрафиолетовой области спектра. При этих условиях места локализации ДНК имеют красную окраску. При использовании для рестрикции нескольких эндонуклеаз с последующим электрофоретическим анализом перекрывающихся аддитивных по длине фрагментов ДНК можно добиться полного упорядочивания сайтов узнавания для каждого из ферментов относительно друг друга и каких-то иных маркеров, присутствующих в исследуемой молекуле ДНК. Процесс этот называется физическим картированием и является обязательным элементом анализа плазмидных, вирусных, бактериальных ДНК и относительно небольших фрагментов ДНК эукариот. Простейший пример такого картирования в том случае, когда в исследуемой молекуле ДНК присутствуют два сайта рестрикции - по одному для двух эндонуклеаз. После обработки исходной ДНК отдельно каждой из рестриктаз образуются два фрагмента, соответствующие по длине расстоянию от концов молекулы ДНК до сайтов рестрикции. При совместной обработке обеими эндонуклеазами на электрофореграмме появляется новый фрагмент, размер которого соответствует расстоянию между сайтами рестрикции. Очевидно, что эти данные еще не позволяют однозначно определить положение сайтов рестрикции по отношению к концам молекулы ДНК. Однако достаточно знать расположение хотя бы одного маркера для того, чтобы произвести точное физическое картирование исходной молекулы ДНК независимо от количества локализованных в ней сайтов рестрикции. При обработке тотальной геномной эукариотической ДНЕ, е частности, ДНК человека, часто- или среднещепящими эндонуклеазами образуется так много фрагментов различной длины (в среднем порядка 1 млн), что их не удается разделить с помощью электрофореза, т. е. не удается визуально идентифицировать отдельные фрагменты ДНК на электро-фореграмме. После электрофореза рестрицированной геномной ДНК получается равномерное окрашивание по всей длине геля - так называемый шмер. Идентификация нужных фрагментов ДНК в таком геле возможна только путем гибридизации с мечеными ДНК-зондами. Это достигается при помощи метода блот-гибридизации по Саузерну.
