Одним из эффективных методов идентификации определенных молекул ДНК среди электрофоретически разделенных фрагментов является ставший уже классическим метод блот-гибридизации по Саузерну, по фамилии автора (Edward Southern), предложившего данный метод в 1975 г. Суть метода -рестрикция геномной ДНК одной или несколькими рестриктазами, после чего образующиеся фрагменты разделяются по относительной молекулярной массе в агарозном или акриламидном гелях. Затем ДНК подвергается денатурации in situ и переносится с геля на плотный носитель (обычно нитроцел-люлозный фильтр или нейлоновую мембрану). Сам перенос (блотгинг) осуществляется за счет действия капиллярных сил, электрического поля или вакуума. Фиксированную на фильтре ДНК гибридизуют с радиоактивно меченым ДНК- или РНК-зондом. Методом авторадиографии определяют положение искомого фрагмента геномной ДНК на электрофореграмме. Блот-гибридизация - высоко чувствительный метод идентификации специфических последовательностей ДНК. При длительной экспозиции (в течение нескольких дней) и при высокой удельной радиоактивности ДНК-зонда (более 109 расп./(мин-мкг)) этот метод позволяет выявлять менее чем 0,1 пг ДНК. Так, при использовании зонда размерами в несколько сотен оснований уникальная последовательность в 1000 п.о. может быть выявлена в 10 мкг геномной рестрицированной ДНК в виде отдельной полосы на радиоавтографе после его экспозиции в течение 12 ч. Метод позволяет работать и с очень короткими олигонуклеотидными зондами (20 п.о.), однако требует особенно хорошего мечения и длительной экспозиции фильтра. Необходимость работы с чистыми препаратами ДНК, применение радиоактивных зондов, длительность и трудоемкость всей процедуры делают ее весьма дорогостоящей. Тем не менее в ряде случаев и сегодня метод не потерял своего значения, в том числе и для диагностики генных болезней. В последнее время для этих целей нередко используют различные варианты нерадиоактивного мечения или окраску ДНК нитратом серебра.
