Существуют различные модификации ПЦР, которые используются в зависимости от конкретных целей проведения реакции или от характера последующего молекулярного анализа амплификатов. Так, для трудноам-плифицируемых участков ДНК (содержащих различные повторяющиеся последовательности или необычные структурные элементы), а также в тех случаях, когда матричная ДНК присутствует в следовых количествах, ПЦР проводят в два этапа, используя в качестве матричной ДНК на втором этапе амплификации, или, как еще говорят, при доамплификации, продукты ПЦР, синтезированные на первом этапе. Часто в этих случаях для повышения специфичности посадки праймеров используют систему так называемых вмонтированных (nested) праймеров, т. е. при доамплификации в качестве праймеров выбирают последовательности, локализованные внутри амплифицированного на первом этапе участка ДНК.
В ряде случаев удобно проводить мультиплексную ПЦР, т. е. одновременную амплификацию нескольких участков матричной ДНК. Можно получать меченые продукты ПЦР, добавляя в реакционную смесь меченые dNTP. Особого внимания заслуживает возможность проведения ПЦР с молекулами кДНК. На основе этой реакции разработаны методы анализа экспрессии генов и получения больших количеств кДНК. Уместно заметить, что реакцию амплификации можно проводить не только в растворах, но и непосредственно на хромосомных препаратах, при этом в случае использования меченых нуклеотидов продукты амплификации будут гибри-дизоваться и выявлять комплементарные им участки ДНК на хромосомах (метод PRTNS - polymerase reaction in situ). До настоящего времени доступными амплификации были участки ДНК, не превышающие по длине 5 тыс. п.о. В последнее время благодаря внесению ряда кардинальных усовершенствований (особый подбор праймеров, использование сразу двух различных ДНК-полимераз, трицинового буфера, специального температурного режима полимеразных циклов) возможно проведение амплификации фрагментов ДНК, достигающих 35 тыс. п.о. В частности, таким образом удалось амплифицировать плазмиду со вставкой 8,5 тыс. п.о., равной целому геному вируса HIV 1 [Cheng D. et al., 1994]. И это еще не предел. В дальнейшем мы неоднократно будем возвращаться к описанию различных модификаций ПЦР, так как этот метод по праву стал одним из основных в молекулярной диагностике наследственных болезней [Erlich Н.А., 1993; PCR Topics, 1993; RT-PCR, Methods and Applications, 1991].
