Возможность точного и специфичного выбора участка ДНК для амплификации, небольшие размеры синтезируемых молекул, их огромное количество чрезвычайно облегчают молекулярный анализ продуктов ПЦР. Как правило, амплифицированную ДНК можно наблюдать в проходящем ультрафиолетовом свете в виде красной полосы после электрофоретического концентрирования и обычного окрашивания геля бромидом этидия. Кроме того, возможна идентификация этих молекул путем блот-гибриди-зации со специфическими олигонуклеотидными зондами. При наличии сайтов рестрикции в амплифицированньгх участках ДНК после их обработки эндонуклеазами и электрофореза количество и положение окрашенных полос на геле изменяются в соответствии с положением этих сайтов
С помощью электрофореза могут быть выявлены небольшие отклонения в размерах синтезированных молекул, которые возникают за счет делеций или инсерции нескольких нуклеотидов в исходной матричной молекуле ДНК; конформационные изменения в однонитевых молекулах ДНК, возникающие при замене оснований; а также структурные изменения в дуплексах между нормальными и мутантными вариантами ам-плифицированных фрагментов ДНК. Кроме того, возможно определение полной нуклеотидной последовательности синтезированных молекул с идентификацией всех мутаций в исследуемом районе матричной ДНК (см. главу 4). Разработаны варианты ПЦР, при которых синтезируются преимущественно однонитевые фрагменты ДНК, что в последующем значительно облегчает их секвенирование. В дальнейшем мы более подробно рассмотрим методы генотипирования мутаций с помощью ПЦР, позволяющие производить полный молекулярный анализ определенных участков ДНК у отдельных индивидуумов. При этом отпадает необходимость визуализации малых количеств ДНК путем их гибридизации с мечеными геномными или кДНК-зондами. Это не означает, конечно, что методы блот-гибридизации и клонирования потеряли свою актуальность. Без их использования невозможна молекулярная идентификация генов, предшествующая разработке методов молекулярной диагностики с использованием ПЦР.
