В последнее время большое распространение получило клонирование в космидах — конструкциях, объединяющих в себе преимущества плазмид и фагов. Космиды получены на основе плазмид, но в них введены генетические элементы фага X, отвечающие за упаковку ДНК в фаговой частице. Такие векторы могут существовать не только в виде плазмид, но и в виде фаговых частиц in vitro. Космиды обладают ббльшей клонирующей способностью по сравнению с плазмидными и фаговыми векторами и могут нести до 40-45 тыс. п.о. инсертированной ДНК. Все вышеперечисленные векторы используют для клонирования в прокариотических системах.
Векторы, пригодные для направленного переноса в эукариотиче-ские клетки, конструируют на основе прокариотических или дрожжевых плазмид - единственных плазмид, найденных в клетках эука-риот, а также используют различные эукариотические вирусы, чаще всего ретровирусы, аденовирусы или аденоассоциированные вирусы. При использовании плазмид в качестве клонирующих векторов в них вводят вирусные последовательности, ответственные за начало репликации. Введение векторов в эукариотические клетки часто осуществляют путем ко-трансформации, т. е. одновременно вводят плаз-миду и сегмент чужеродной ДНК. Векторные последовательности, введенные в клетки эукариот, могут сохраняться там в течение нескольких дней в виде суперскрученных кольцевых молекул - эпи-сом. В редких случаях возможна интеграция экзогенной ДНК в хромосомную ДНК. В этих случаях введенные последовательности устойчиво сохраняются в геноме клеток хозяина и наследуются по менделевскому типу
